孔子庙位于长崎大浦町，是中国外唯一一座由中国人建造的孔子庙。庙的格局和国内的孔子庙出于一式。主殿均是黄琉璃瓦屋顶和汉白玉栏杆，富丽堂皇。大成殿内供奉有孔子塑像和4圣牌位，两侧有孔子弟子七十二贤人的大型石雕像，每座高1.8米左右，重2吨，完全是根据李公鳞的画谱塑造的。大殿里的全套祭器都是按照曲阜孔庙的复制的。在庙后的三层楼上还设有“中国历史博物馆”，展示了中国历史博物馆提供的中国古代的文物。