圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山(又名西山，满刺加国王拜里迷苏拉曾将明成祖赠送的金龙文笺在山上勒石树碑，后改名为圣保罗山)，建于1521年，为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。在教堂内有一墓穴，是1553年圣芳济各的临时墓地，传说圣芳济各死后肉身不坏，荷兰人不信，起其尸体，斩其右手，血流如注，后人确信此事，遂把他的尸体移葬在印度的果亚。
    现在这里每晚都举行声光晚会，20：30为马来语，22：00为英语，而在斋月期间，每晚只有英语一场，于20：30举行。