1602年奠基，1637年全部竣工，而教堂前一段长石阶则于稍后完成。这间教堂与火结下不解之缘，从其雏型起始，至现时仅存的前壁牌坊，先后经历三次大火，屡焚屡建，是一所活生生的历史见。
当年的圣保禄教堂建筑，糅合了欧洲文艺复兴时期与东方建筑的风格而成，教堂前宽阔的68级长石阶梯，更突出了卓尔不群的气势和显赫的地位。圣宝禄教堂建成后，在远东享有盛名，它不仅是远东最大的天主教堂，也是远东第一所西方大学，许多西方传教士都到此研修天主教义，如明朝时意大利传教士利马窦、德国传教士汤若望等著名人物。中西合璧、雕刻精细，单独是大叁巴牌坊的造价，三百年前已达三万两银。
